Neiroķirurgs profesors Jānis Kupčs dzimis 1940. gada 24. augustā Jelgavā agronoma ģimenē un 1958. gadā beidzis Rīgas 1. Vidusskolu. Pēc institūta beigšanas 1964. gadā norīkots darbā uz Kazahstānu, viņš divus gadus nostrādāja par ķirurgu Gurjevā un pēc atgriešanās Latvijā tika uzņemts klīniskajā ordinatūrā neiroķirurģijā pie docenta Ilmāra Puriņa (1927–1977). Tas savukārt pavēra ceļu uz Maskavu, un no 1967. līdz 1970. gadam J. Kupčs bija PSRS Medicīnas zinātņu akadēmijas N. Burdenko Neiroķirurģijas institūta aspirants un 1971. gadā sekmīgi aizstāvēja zinātņu kandidāta disertāciju par smadzeņu arteriogrāfiju.

            Vēlreiz atgriezies Rīgā, J. Kupčs bija RMI jaunākais un vecākais zinātniskais līdzstrādnieks, no 1977. līdz 1989. gadam – Neirovaskulārās laboratorijas vadītājs. 1976. gadā kopā ar Dainu Kurmi viņš veica pirmo ekstraintrakraniālās asinsvadu mikroanastomozes (asinsvada diametrs 1–2 mm) operāciju Latvijā. 1977. gada septembrī J. Kupčs veica pirmo vestibulārā nerva švannomas mikroķirurģisku rezekciju Latvijā.

            J. Kupčs ir pionieris lāzera neiroķirurģijas nozarē Latvijā, strādājot pie smadzeņu asinsvadu anastomožu operācijām. 1980. gadā darbs vainagojās ar Latvijas PSR Valsts prēmiju (kopā ar kolēģiem) par jaunu galvas smadzeņu asinsvadu slimību diagnostikas un ārstēšanas metožu izstrādāšanu un ieviešanu praksē. Tāpat 1978. gadā J. Kupčs kopā ar kolēģiem veica Latvijā pirmo plaukstas replantācijas operāciju, ar to uzsākot plastiskās mikroķirurģijas nozari Latvijā.

            Vienlaikus J. Kupčs strādāja pie medicīnas zinātņu doktora disertācijas par ekstraintrakraniālām mikroanastomozēm, ko sekmīgi aizstāvēja 1985. gadā. Disertācijas pamatā ir mikrolāzerķirurģijas metode galvas smadzeņu asinsvadu anastomožu veidošanā, un tas ir pirmais šāda veida darbs pasaulē. Pēc tam 1989. gadā J. Kupčs tika ievēlēts par RMI profesoru.

            No 1989. gada līdz mūža galam profesors J. Kupčs vadīja Paula Stradiņa Republikas klīniskās slimnīcas Neiroķirurģijas centru. Arī šeit viņš izvērsa plašu zinātnisku darbību par galvas smadzeņu traumas diagnostikas un ārstēšanas metožu uzlabošanu, tāpat veica pētījumus par galvas smadzeņu asinsvadu un audzēju ķirurģiskām ārstēšanas metodēm, kā arī interesējas par visu jaunāko neiroķirurģijā, piemēram, embrija cilmes šūnu izmantošanu Pārkinsona slimības gadījumā.

            Profesors J. Kupčs vadīja Latvijas Neiroķirurģijas biedrību, bija Veselības aizsardzības ministrijas galvenais neiroķirurgs. Viņš publicējis 75 zinātniskus darbus, vadījis un recenzējis vairākas disertācijas.